SeqAn Kütüphanesinin Visual Studio 2015 ile kullanımı (c++)

Bu yazıda biyoinformatik çalışmalarında verilerin analizi için kullanılan seqan kütüphanesinin visual studio 2015 ile nasıl kullanılacağını anlatacağım. Kütüphanenin kendi sitesinde kurulum anlatılmış ancak görsel açıdan çok zayıf ve bazı adımları atlanmış. Kurulum ile ilgili verilen bilgileri saymazsak, algoritmalar ve veri yapılarının kullanımı ile alakalı bolca örnek ve iyi bir dokümantasyon var. İnternette yaptığım aramalarda bu konuda hiç Türkçe kaynak bulamadım. İleriki zamanlarda fırsat buldukça algoritmalar ve veri yapıları ile ilgili örnek kodların yer aldığı yazılar da paylaşacağım.

Seqan, biyolojik verilerin analizi için geliştirilmiş açık kaynak kodlu bir c++ kütüphanesidir.  İçerisinde tüm modüllerle alakalı demoların yer aldığı, sıkıştırılmış halinin 108 mb olduğu kaynak kodları indirip cmake ile derleyebilirsiniz. Kaynak kodla işim olmaz ben kütüphaneyi kullansam yeter diyorsanız 11 mb’lık sıkıştırılmış dosyayı indirmeniz yeterli olacaktır. Sitenin ana sayfasına buradan, tutorial sayfasına buradan, kod dokümantasyonuna buradan ulaşabilirsiniz. Daha anlaşılır olması açısından işlem adımlarını numaralandırıp her adımla ilgili ekran görüntüsünü paylaştım. 

1.     Buradan 2.2.0 sürümüne ait zip dosyasını indirip dosyaları bilgisayarınızda bir klasöre (c sürücüsü olabilir ) çıkartın.

2.     Visual Studio’da bir c++ projesi açın.

3.     Menüden  Project><proje ismi>  properties alanına tıklayın. Aşağıdaki gibi bir ekran görüntüsü çıkacaktır.

4.     Açılan pencereden C/C++ sekmesine tıklayın. Yan tarafta açılan “Additional include Directories” alanına gelip “edit” deyin.

5.     Daha sonra zip dosyasını çıkardığınız klasöre gidip include klasörünün olduğu yolu kopyalayıp açılan pencerede yeni bir satıra ekleyip uygula butonuna basın. (Bu kütüphanede .lib dosyası olmadığı için Linker sekmesinde her hangi bir ayar yapmak gerekmiyor.)

6.    Aynı pencereden “General” alanına tıklayın. Project Defaults başlığı altında “Character Set” alanını “Use Multi-Byte Character Set” olarak değiştirin.

7.     Son olarak bazı flag ayarları yapıyoruz. C/C++ alanında Preprocessor’a tıklayın. Yan tarafta görünen “Preprocessor Definitions” satırına gelip edit deyin.  

8.    Çıkan pencereye aşağıdakileri kopyalayıp yapıştırın

WIN32

_WINDOWS

_DEBUG

SEQAN_ENABLE_DEBUG=1

SEQAN_GLOBAL_EXCEPTION_HANDLER=1

_WIN32_WINNT=0x0600

WINVER=0x0600

_SCL_SECURE_NO_WARNINGS

_CRT_SECURE_NO_WARNINGS

NOMINMAX

SEQAN_HAS_EXECINFO=0

SEQAN_APP_VERSION="1.3.4"

SEQAN_REVISION="tarball"

SEQAN_DATE=""

CMAKE_INTDIR="Debug"

9.     Kütüphanenin kullanımı için gerekli ayarlar tamamlandı. Projenizde yeni bir kaynak dosyası ekledikten sonra dosyanın başına aşağıdaki satırları ekleyip projenizi derleyin. Hata alırsanız yukarıdaki işlem adımlarını tekrar gözden geçirmelisiniz.

#include <seqan/graph_types.h>

#include <seqan/graph_algorithms.h>

Seqan kütüphanesinin visual studio ile kullanımı bu şekildedir. Linux ortamında çalışanlar yazılım merkezinde seqanı indirip yukarıdakine benzer şekilde codeblock için gerekli ayarlamaları yapabilirler ancak yazılım merkezinden indirilen sürüm 1.3 yani çok eski. Yazılım merkezinden indirmek yerine zip dosyasını indirip ayarları manüel yapmanız gerekiyor.

İyi Çalışmalar.