Bu yazıda biyoinformatik
çalışmalarında verilerin analizi için kullanılan seqan kütüphanesinin visual
studio 2015 ile nasıl kullanılacağını anlatacağım. Kütüphanenin kendi sitesinde
kurulum anlatılmış ancak görsel açıdan çok zayıf ve bazı adımları atlanmış. Kurulum
ile ilgili verilen bilgileri saymazsak, algoritmalar ve veri yapılarının
kullanımı ile alakalı bolca örnek ve iyi bir dokümantasyon var. İnternette
yaptığım aramalarda bu konuda hiç Türkçe kaynak bulamadım. İleriki zamanlarda
fırsat buldukça algoritmalar ve veri yapıları ile ilgili örnek kodların yer
aldığı yazılar da paylaşacağım.
Seqan, biyolojik verilerin analizi
için geliştirilmiş açık kaynak kodlu bir c++ kütüphanesidir. İçerisinde tüm modüllerle alakalı demoların
yer aldığı, sıkıştırılmış halinin 108 mb olduğu kaynak kodları indirip cmake
ile derleyebilirsiniz. Kaynak kodla işim olmaz ben kütüphaneyi kullansam yeter
diyorsanız 11 mb’lık sıkıştırılmış dosyayı indirmeniz yeterli olacaktır. Sitenin ana sayfasına buradan, tutorial sayfasına buradan, kod dokümantasyonuna buradan ulaşabilirsiniz. Daha anlaşılır olması açısından işlem adımlarını numaralandırıp her adımla ilgili ekran görüntüsünü paylaştım.
1.
Buradan
2.2.0 sürümüne ait zip dosyasını indirip dosyaları bilgisayarınızda bir klasöre
(c sürücüsü olabilir ) çıkartın.
2.
Visual
Studio’da bir c++ projesi açın.
3.
Menüden
Project><proje
ismi> properties alanına
tıklayın. Aşağıdaki gibi bir ekran görüntüsü çıkacaktır.
4.
Açılan pencereden C/C++
sekmesine tıklayın. Yan tarafta açılan “Additional include Directories” alanına
gelip “edit” deyin.
5.
Daha
sonra zip dosyasını çıkardığınız klasöre gidip include klasörünün olduğu yolu
kopyalayıp açılan pencerede yeni bir satıra ekleyip uygula butonuna basın. (Bu
kütüphanede .lib dosyası olmadığı için Linker sekmesinde her hangi bir ayar
yapmak gerekmiyor.)
6. Aynı
pencereden “General” alanına tıklayın. Project Defaults başlığı altında “Character
Set” alanını “Use Multi-Byte Character Set” olarak değiştirin.
7.
Son
olarak bazı flag ayarları yapıyoruz. C/C++ alanında Preprocessor’a tıklayın.
Yan tarafta görünen “Preprocessor Definitions” satırına gelip edit deyin.
8. Çıkan
pencereye aşağıdakileri kopyalayıp yapıştırın
WIN32
_WINDOWS
_DEBUG
SEQAN_ENABLE_DEBUG=1
SEQAN_GLOBAL_EXCEPTION_HANDLER=1
_WIN32_WINNT=0x0600
WINVER=0x0600
_SCL_SECURE_NO_WARNINGS
_CRT_SECURE_NO_WARNINGS
NOMINMAX
SEQAN_HAS_EXECINFO=0
SEQAN_APP_VERSION="1.3.4"
SEQAN_REVISION="tarball"
SEQAN_DATE=""
CMAKE_INTDIR="Debug"
9.
Kütüphanenin
kullanımı için gerekli ayarlar tamamlandı. Projenizde yeni bir kaynak dosyası ekledikten sonra dosyanın başına aşağıdaki satırları ekleyip projenizi derleyin. Hata alırsanız
yukarıdaki işlem adımlarını tekrar gözden geçirmelisiniz.
#include <seqan/graph_types.h>
#include <seqan/graph_algorithms.h>
Seqan kütüphanesinin visual studio ile
kullanımı bu şekildedir. Linux ortamında çalışanlar yazılım merkezinde seqanı
indirip yukarıdakine benzer şekilde codeblock için gerekli ayarlamaları
yapabilirler ancak yazılım merkezinden indirilen sürüm 1.3 yani çok eski. Yazılım
merkezinden indirmek yerine zip dosyasını indirip ayarları manüel yapmanız
gerekiyor.
İyi Çalışmalar.
Hiç yorum yok :
Yorum Gönder